El Sistema de Centros Públicos de Investigación Conacyt cuenta con más de 20 años de existencia formal como un instrumento del Estado Mexicano comprometido con el avance científico y tecnológico del país. Sin embargo, conviene recordar que muchas de las instituciones que lo integran tienen más de 30 años de historia.
Con la fundación del Conacyt en 1970 se reconoció, entre otras cosas, la importancia de descentralizar la actividad científica. Apoyado por instituciones académicas importantes del país, Conacyt fundó varios centros de investigación científica y posteriormente otros con vocación tecnológica. Estos centros, coordinados por Conacyt y en conjunto con este organismo, pasaron a ser coordinados por la Secretaría de Programación y Presupuesto (SPP) a partir del 27 de febrero de 1979.
En 1992 se reformó la Ley Orgánica de la Administración Pública Federal que extinguió a la SPP. Las atribuciones sobre ciencia y tecnología de la extinta SPP fueron asignadas a la Secretaría de Educación Pública (SEP) y a través del Conacyt a partir del 1º de marzo de 1992. En particular, se le responsabilizó de la coordinación y la promoción del desarrollo científico y tecnológico. La SEP y el Conacyt recibieron así la responsabilidad de coordinar el subsector Ciencia y Tecnología Nacional. Se creó formalmente lo que se llamó entonces Sistema SEP-Conacyt y que más adelante, al separarse al Conacyt de la SEP mediante la nueva Ley de Ciencia y Tecnología en 2002, se reconoce como el Sistema de Centros Públicos de Investigación Conacyt.